下一代测序的局限性之一是DNA样本的长度。目前的Illumina技术可以进行长达250 bp的测序。我们的基因组比这长得多，例如，最长的染色体，也就是染色体1，大约有2.5亿bp。因此，在制备NGS样品的过程中，需要将DNA片段化或切割成更小的尺寸。此步骤通常称为碎片的一步。

例如，较短的DNA样本，古代DNA样本不需要破碎，因为他们已经部分降解到大约50 bp。另一个例子是由miRNA(微RNA)生成的cDNA，它也很短。

有两种方法可以使DNA片段破碎

声波降解法：

在超声波处理中，DNA通过暴露在声波(通常是超声波)中被分解。当一个强大的声波击中DNA链时，它会产生双链断裂，将长链DNA链切割成更小的DNA链。为了获得特定的DNA大小，需要调整功率和时间。

酶：

长DNA链也可以通过酶反应被打断。有几种不同的酶能够切割DNA链;它们可以针对特定序列或随机切断DNA。