凝胶电泳是一种用于实验室分离不同大小的DNA片段并估计这些大小的方法。例如，PCR产物DNA被装入凝胶一端的小孔中。然后将电流施加到凝胶上(与孔相对的正极)。因为DNA带负电荷，它会通过凝胶向正极移动。较小的DNA分子比较大的DNA分子在凝胶中移动得更快，导致尺寸分离。电泳后，DNA可见，在每孔下呈条带状出现。只有大量的DNA(数以百万计的拷贝)可以被可视化。一个含有已知大小的DNA片段混合物的“DNA阶梯”也被装载在凝胶上。DNA样本的大小可以通过与DNA梯相比较来估计(图1)。
图1所示。PCR反应中不同长度的片段在凝胶上运行。这些碎片移动的速度和距离与它们的大小有关:较小的DNA分子会比较长的DNA分子在凝胶中移动得更快、更远。
通过将PCR产品与装载缓冲液混合，我们可以看到PCR产品在凝胶电泳过程中走了多远。加载缓冲液在使样品更重方面也很有用，所以当你移液到凝胶上时，样品会下沉到凝胶的底部。
有许多组合加载缓冲区;但是，它通常会包含以下内容:
染色试剂例如，二甲苯氰醇，甲酚红，溴酚蓝，或橘色g。这将为样品增加颜色，并帮助你看样品在琼脂糖凝胶上的位置。
高粘度试剂例如，菲科尔，蔗糖或甘油。这会增加样品的整体粘度，从而使样品更重。
水稀释上述试剂。