当考虑存在于一个给定群体中的基因变异时，在考虑不同变异的相对共性时考虑等位基因频率是有帮助的。这可以帮助我们理解随着时间的推移进化或适应性的转变，或者环境的变化如何有利于特定的集合或变异(或“基因型”)。
这种频率通常表示为一个种群中等位基因总数的百分比。有时也以小数形式传递(例如，一个频率为17%的等位基因可能以0.17的频率传递)。
重要的是要记住，大多数生物在遗传上是二倍体，这意味着它们每个基因有两个等位基因。因此，200种生物的种群有400个等位基因。如果我们在这个人群中对一个特定的基因进行基因分型，并发现一个特定等位基因的45个副本，我们只需计算这种流行率占等位基因总数的百分比:
(45 / 200) × 100 =0.225或22.5%
我们可以重新安排这个计算，也可以找到一个给定频率所代表的等位基因的数量，甚至可以预测我们预计会找到多少个给定类型的等位基因。