微阵列扫描仪会拾取荧光信号，并且可以观察到三种荧光颜色：黄色表示序列的正常或没有变化，绿色表示重复，而红色表示缺失。信号转换为图，说明了与参考DNA相比样品DNA的比率。请注意，下图组成了3个彩色点：红色，黑色和蓝色。黑色是正常的，蓝色为增益，红色为损失。

图1：阵列CGH分析