通过一系列的生化测试，可以鉴别出不同细菌种类的各种代谢特性，从而鉴别出密切相关的生物。

单一的生化测试通常不足以识别未知的细菌，但生化测试可以结合成功地识别细菌种类。用于识别常见病原体的试剂盒已在市场上出售。生化测试也可以与其他细菌鉴定方法，包括差异或选择性介质和染色．生物化学鉴定方法的主要缺点是它们只能用于可以在实验室培养的生物体。核酸检测克服这个问题。

生化测试的例子

过氧化氢酶试验

过氧化氢酶催化过氧化氢反应成氧和水(H₂O₂- > H₂O + O₂)．过氧化氢是呼吸作用的有害副产物。过氧化氢酶的作用是保护细胞免受氧化损伤。它存在于大多数需氧细菌中。过氧化氢酶的存在可以通过细菌培养物加入过氧化氢时产生的气泡来确定。过氧化氢酶阴性的微生物不会产生气泡。

图1:过氧化氢酶试验阳性(左)和阴性(右)。

氧化酶试验

细胞色素c氧化酶是一种存在于许多需氧细菌中的酶。在产生能量的电子传递链中，它催化电子从电子给体化合物到电子受体的传输。在氧化酶试验中，N,N,N '，N ' -四甲基-对苯二胺(TMPD)或N,N-二甲基-对苯二胺(DMPD)等酶氧化酶试剂在还原态为无色(或浅粉色)，在氧化态为蓝色。因此，蓝色表示细胞色素c氧化酶的存在。需要注意的是，细菌可能在电子传递链中使用其他酶，所以在需氧菌和阳性氧化酶试验之间没有直接关系。

图2:氧化酶试验阳性(左)和阴性(右)。

脲酶试验

脲酶催化尿素生成氨、水和二氧化碳。酶的存在可以通过向培养基中添加尿素和通过相关的pH升高检测氨来确定。

吲哚试验

吲哚试验测定细菌通过各种酶从色氨酸中产生吲哚的能力。在细菌培养中，通过将吲哚添加到Kovac试剂中，可以检测到从粉色到红色的颜色，或将对二甲氨基辛纳醛(DMACA)添加到蓝色的颜色。

图3:阳性(左)和阴性(右)吲哚试验。

表1:用于鉴定细菌的生化测试的例子