生物污染是细胞培养实验室中最常见的问题，有时会造成非常严重的后果。这些污染物包括细菌、霉菌、酵母、病毒、支原体和其他细胞系的交叉污染。虽然完全消除污染是不可能的，但通过彻底了解其来源并遵循良好的做法，可以减少污染的频率和严重性无菌技术．污染事件主要通过肉眼观察发现，但也有其他方法，如PCR或荧光染料。虽然可以进行去污处理，但在发生污染的情况下，最方便的处理方法是丢弃细胞，开始新的培养。

图1:生物污染的例子。(一)细菌污染。(B)酵母污染

使用抗生素

抗生素不应该在细胞培养中常规使用，因为抗生素的持续使用会鼓励耐抗生素菌株的发展，并允许低水平的污染持续存在，一旦抗生素从培养基中移除，就可能发展为全面的污染。也可能隐藏支原体感染和其他隐性污染物。此外，一些抗生素可能与细胞交叉反应和干扰细胞过程的调查。抗生素只能作为最后的手段，而且只能短期使用，而且应该尽快从培养物中去除。如果长期使用，应同时保持无抗生素培养，作为隐性感染的控制。