使用细胞培养的研究人员面临的最常见的问题之一是生物污染。这可以是其他细胞系或用于研究的微生物，也可以是环境细菌、酵母和病毒。

完全避免污染是不可能的，但是使用无菌技术确定主要的污染源可以降低风险。

细胞培养物在显微镜下观察，污染通常很容易被发现。虽然可以遵循去污染过程，但在发生污染事件的情况下，最安全、最方便的方法是丢弃细胞，开始新的培养。

图1:细菌污染进展的例子。(一)未被污染的细胞;(B)初始污染;(C)污染的细胞。

图2:健康细胞(A)和被污染细胞(B)

细胞培养中的抗生素

抗生素应仅在必要时使用，且仅在短时间内使用，并应尽快从培养物中取出。不建议在细胞培养中持续使用抗生素，因为它鼓励耐抗生素菌株的发展，并允许低水平的污染持续存在，一旦抗生素从培养基中移除，就可能导致污染，以及隐藏支原体感染。此外，有些抗生素可能会与细胞发生交叉反应，干扰正在研究的细胞过程或正在测试的化合物。