BLASTverwendet Statistiken, um die Sequenzdatenbank zu sortieren und so die besten Übereinstimmungen zu ermitteln.

Abbildung 1:Farbcodierter Alignment Score
Der Benutzer erhält die folgende Ausgabe:
Maximale Punktzahl
Gesamtpunktzahl
Abfrageabdeckung
E-Wert
Maximale Identität
Der E-Wert、erwartete Wert gibt die Anzahl der Treffer an, die man in einer Datenbank derselben Größe zu finden erwartet. Niedrige E-Werte weisen auf ein signifikantes Ergebnis hin. Die maximale Identität stellt den Prozentsatz der gemeinsamen Identitäten zwischen der Abfrage und dem Treffer in einem Nukleotid-zu-Nukleotid-Alignment dar. Die Alignment Scores sind numerische Werte, die die Gesamtqualität eines Alignments beschreiben. Der Prozentsatz der Abfragelänge, der in den ausgerichteten Segmenten enthalten ist, wird als Abfrageabdeckung bezeichnet.

Abbildung 2:BLAST-Ergebnis