这是又一重要的一步CHIP-EXO协议。此步骤的目的是丢弃任何不需要的生物分子，例如蛋白质和RNA，以使DNA溶液尽可能纯化，并创建一个DNA序列库，以后可以对其进行测序，以识别转录序列的目标序列因素是绑定的。在此步骤中使用了三种主要试剂：

• Tris EDTA缓冲区：这是用于溶解DNA样品的常见缓冲液。不要忘记这一步骤非常重要，因为由于EDTA的存在，该缓冲液将保护DNA免受进一步降解的影响，EDTA的存在是螯合DNA降解过程中涉及的离子。

• 蛋白酶K：该酶会降解溶液中存在的其余转录因子。

• rnase：该酶会降解样品中存在的其余RNA分子。