Figura 1.Esistono 4 tipi di interazioni: interazioni non polari, interazioni polari, interazioni ioniche e interazioni basate sulla dimensione molecolare.

Le particelle nelle colonne sono normalmente basate sul silicio o su un polimero. Diverse catene possono essere attaccate alla struttura, offrendo differenti tipi di interazioni:

• Interazioni basate sulla polarità:i composti polari saranno trattenuti dalle fasi stazionarie con catene polari, come –CN o –OH. I composti non polari saranno trattenuti dai gruppi non polari nella fase stazionaria, come –C8 o –C18.

• Interazioni ioniche:a seconda del pH, alcuni gruppi possono essere protonati o deprotonati, formando delle specie ioniche. Se l'analita e la fase stazionaria hanno cariche opposte, l'analita sarà trattenuto nella colonna.

• Dimensione molecolare:le molecole di piccole dimensioni possono essere trattenute nei pori della fase stazionaria mentre le molecole di grandi dimensioni non lo saranno. Quindi, le molecole piccole rimarranno più a lungo nella colonna mentre le molecole grandi passeranno più velocemente.