从光系统II，电子首先转移到质体醌，质体醌在电子传递链上穿梭电子。电子的能量被用来主动地将质子泵入类囊体腔中。然后低能电子被转移到光系统I，它使用光能量重新激发电子，将NADP+还原为NADPH。
电子传递链中的每个电子载流子都是一个电子受体和电子施主．例如，质体醌被反应中心还原，因为它比反应中心先前的电子供体有更高的还原电位。接下来的复合体，细胞色素质子泵，再次具有更高的还原电位。这驱动电子沿着电子传递链移动，电子的能量被用来将质子泵入类囊体腔中。
这是光反应的化学方程式:
2 H2O + 2 nadp++ nADP + nPi→O2+ 2 nadph + 2 h++ nATP