门控是通过将正确的电荷应用于液滴来选择要排序的目标单元的过程，以便通过偏转板通过后将其发送到收集管。可以根据FSC/SSC值或荧光强度设置门。

最常见的第一个门控策略是使用FSC和SSC查找可行的单细胞事件，并消除任何碎屑，死细胞和团块或双重填充物。通常，死细胞通常比活细胞较低，而SSC较高。

一旦使用FSC和SSC鉴定了靶细胞，就可以根据其荧光进一步选择它们。如果只有一个荧光标记，则显示一个单变量直方图，而如果使用了两个不同的标记，则通常将图形绘制为双变量直方图（图1）。这将图分为四个象限的四个可能组合：每种荧光标记的双阳性，单个阳性，而两者的阴性。

图1.双变量直方图。