荧光显微镜利用不同的发射波长和传输波长荧光团产生高对比度图像。有几个荧光染料可以自由扩散到活细胞中。其他荧光团包括荧光蛋白标签，如绿色荧光蛋白(GFP)或SNAP标签，可以转基因表达和荧光标记抗体结合到细胞中感兴趣的分子。因此，荧光显微术可以用来可视化显微过程是不可能可视化的其他显微技术．