Imicroscopi a fluorescenzasfruttano la differenza dilunghezza d'onda di emissione e trasmissione deifluoroforiper produrre immagini ad alto contrasto. Esistono diversicoloranti fluorescentiche possono essere applicati alle cellule vitali e si diffondono liberamente al loro interno. Altri fluorofori includono etichette proteiche fluorescenti come la proteina fluorescente verde (GFP) o i tag SNAP, che possono essere espressi transgenicamente, e anticorpi marcati con fluorescenza che si legano a molecole di interesse nella cellula. Pertanto, la microscopia a fluorescenza può essere utilizzata per osservare processi microscopici impossibili da visualizzare con altretecniche di microscopia.