在凝胶电泳中，在凝胶层的一端有一个正极，在另一端有一个负极。凝胶层由一端的小孔形成，其中装载DNA片段和试剂混合物(步骤1，图1)。
DNA带负电荷。当电流通过凝胶时，DNA通过凝胶中的孔隙向正极移动(步骤2，图1)。较小的DNA分子比较大的DNA分子在凝胶中移动得更快，导致尺寸分离。迁移速率上的差异根据大小分隔碎片(步骤3，图1)。
电泳后，DNA被可视化，并显示为相同长度的成组DNA片段的“带”。这种方法只能显示大量的DNA(数百万个拷贝)(步骤4，图1)。
DNA样本的大小可以通过比较与DNA梯(“标记DNA”见图1)。
图1所示。PCR反应中不同长度的片段在凝胶上运行。碎片移动的速度和距离与它们的大小有关:较小的DNA分子在凝胶中移动的速度和距离要比较长的DNA分子快。