门德尔的杂交实验证明表型和基因型之间的差异。当真正的饲养植物（P1）（一个父母有黄色的豆荚和一个绿色豆荚）交叉施用时，所有第一代（F1）混合后代都有黄色的豆荚。也就是说，混合后代在表型上与带有黄色豆荚的真实繁殖母体相同。但是，我们知道，父母用绿色豆荚捐赠的等位基因并不简单地丢失，因为它在第二代（F2）后代的某些后代重新出现。因此，F1植物在基因型上必须与带有黄色豆荚的母体不同。

Mendel在实验中使用的P1植物是每个植物纯合因为他正在学习的特征。在给定基因或基因座的二倍体生物具有两个相同的等位基因该基因在其同源染色体上。门德尔的父母豌豆植物总是繁殖的，因为两个配子都具有相同的特征。当对具有对比性状的P1植物交叉特征时，所有后代都是杂合对于对比性状，这意味着它们的基因型反映了他们研究基因的不同等位基因。