荧光探针是对某些细胞结构具有高亲和力的分子荧光团．荧光探针中使用的一些最常见的荧光团是罗丹明或荧光素异硫氰酸酯(FITC)。

例如，Phalloidin是一种由蘑菇产生的剧毒分子，它与肌动蛋白细胞骨架结合，阻止其去极化，从而杀死细胞。对肌动蛋白丝的高特异性可用于染色细胞骨架，通过化学交联Phalloidin与荧光团(如罗丹明)在荧光显微镜下观察其结构。