克雷布斯循环(见下图)开始于乙酰辅酶a的乙酰基结合克雷布斯循环制备与四碳化合物草酰乙酸形成六碳化合物柠檬酸。然后柠檬酸沿着循环通过酶催化的不同反应被氧化，产生几种中间分子。在这个循环中，增加了2个二氧化碳₂分子，1个ATP, 3个NADH和1个FADH₂每个丙酮酸分子生成一个分子。在循环的最后，草酰乙酸被再生回来作为乙酰受体，重新开始循环。