这些细胞以这样或那样的形式存在于几乎所有的人体组织中。在这种细胞类型家族中，有几个专门的成员，它们是特定的身体隔间或器官。因此，它们经常被描述为一个特殊的名称，例如，Kupfer细胞是一个特化肝巨噬细胞的例子。
所有的巨噬细胞都是吞噬细胞，代表了先天防御入侵病原体的第一道防线。巨噬细胞除了在先天免疫中发挥作用外，还内在化受损的机体细胞、致癌细胞和一般的细胞外碎片，以便处理和清除，促进伤口愈合，帮助保持整体身体健康和活力。这种吞噬过程也可以由补体信号系统的激活启动。
一旦被吞噬的病原体被内化和消化，其抗原就出现在巨噬细胞的细胞表面。如果naive T细胞与巨噬细胞提供的抗原匹配并结合，它将开始增殖，产生许多具有相同受体特异性的子T辅助细胞(TH1细胞)。
巨噬细胞在创造炎症条件中发挥重要作用，促进病原体清除和愈合。这些细胞通过制造和分泌一系列趋化因子(“细胞招募”)和血管舒张因子(“血管扩张/渗漏”)来达到这一目的。在分子的分泌上，将达到4个经典的炎症征象;
疼痛，这是由于对伤害性神经元的模拟
肿胀这是由于免疫细胞的局部积聚
热这是由于液体从毛细血管渗漏到血管外组织造成的
发红这是因为皮肤表面毛细血管的扩张和扩大。