这多重自​​动基因组工程（法师）工作流由6个步骤组成：

1.设置目标表型或基因型

某种表型可能是某种酶或基因网络的结果。您应该能够描述所需的表型或基因型。例如：使用β-胡萝卜素的生产增加大肠杆菌。所需的表型将是大肠杆菌带有明亮橙色的殖民地。

2.识别目标基因座

确定与所需表型或基因型有关的所有基因。有几种使用计算算法来帮助识别相关基因座的工具。

3。设计寡核

合成的单链DNA（ssDNA）或寡核苷酸（寡核苷酸）旨在携带突变。设计这些寡聚物的某些参数应达到高昂等位基因替代频率（ARF）。

4.预测周期时间

应研究最佳的法师循环。通常，更多的周期增加了等位基因替代和种群多样性的普遍性。

5。法师骑自行车

法师循环涉及一系列步骤，以允许将寡核酸重组与细菌染色体重组。

6.筛选

筛选细菌细胞以检查它们是否具有所需的表型/基因型。对于面向基因型的项目，使用基于PCR的方法或DNA测序进行突变细胞的筛选。在面向表型的项目的情况下，筛查是通过镀菌菌落以进一步形态鉴定进行的。