微生物组是人体中存在的微生物的集体名称，而不会造成伤害。这种微生物也称为正常菌群，微生物群或共生。微生物组可能会随着条件的变化（例如饮食变化），宿主之间的微生物转移，抗生素治疗等的变化而发生变化。微生物组目前是许多研究的主题，这些研究是在宿主中存在的微生物之间建立联系健康与疾病。