pH值，即环境的酸度或碱度的衡量也会显着影响微生物的细胞生长。每种微生物都有最佳pH值。对大多数真菌（包括酵母）的最佳pH值略微酸性。pH值影响酶和蛋白质稳定性，可以引起酶变性并干扰膜离子泵送。