用苯酚-氯仿法可以从细胞中分离出核酸。苯酚-氯仿是缓冲饱和苯酚与氯仿1:1的混合物。流程中的步骤如下:

• 1)水溶液裂解及均质化。这是通过裂解缓冲液和涡流样品来完成的。
• 2)在裂解液中加入苯酚-氯仿，涡流混合。

• 3)将相按密度离心分离。苯酚的密度为1.07 g/cm^3.氯仿的密度较高，为1.47 g/cm^3.)，从而形成两相，下层有机相(苯酚-氯仿)和上层水相(见下图)。核酸从带负电荷的磷酸盐主链获得极性;因此，核酸可溶于上水相。蛋白质含有疏水区域，与苯酚相互作用，使蛋白质在两相界面沉淀(通常为白色絮凝)。脂质也有疏水区域，并将溶解在低有机相。混合物的pH值决定了核酸的分离。在中性pH下，RNA和DNA保留在上水相，而在酸性pH下，DNA移动到下有机相，RNA保留在上水相。

• 4)核酸回收。最后一步，用异丙醇沉淀法从水相中回收核酸。

采用苯酚-氯仿提取法进行核酸分离。