学习系统发育附加两种蛋白质，我们可以对准氨基酸序列以及底层核苷酸编码序列。蛋白质的官能团反映在其氨基酸序列中;因此，核苷酸序列通常转化为类似于翻译的氨基酸序列。DNA序列中的点突变不一定导致肽链的变化，因为可以将几个不同的密码子转换成相同的氨基酸。相反，单个核苷酸插入可能出现在DNA水平上的次要变化，然而，在蛋白质水平上，核苷酸插入会导致整个密码子模式的偏移，因此将序列转化为完全不同的氨基酸序列。因此，彼此比较不同蛋白质的氨基酸序列。