Un polipeptide appena formato contiene una sequenza segnale, solitamente sull'N-terminale. Questa sequenza segnale indica il luogo a cui appartiene il polipeptide. Molto spesso, il processo di traduzione non è sufficiente per produrre una proteina funzionale. La modificazione post-traduzionale e il ripiegamento delle proteine consentono al polipeptide di diventare funzionale. Le modificazioni essenziali per le proteine funzionali sono le seguenti:

• Proteolisi: taglio della catena polipeptidica da parte della proteasi.
• Glicosilazione: aggiunta di zuccheri alla proteina, per formare una glicoproteina. Il processo avviene nell'apparato del Golgi.
• Fosforilazione: aggiunta di un gruppo fosfato, catalizzata dalle protein-chinasi.