索诺在una reazione PCR,我引物在modo sceltida inquadrare la sequenza desiderata. Questo determina anche la lunghezza del frammento risultante, e i primer sono inclusi nel prodotto finale della PCR. La figura a destra mostra come un singolo filamento viene accorciato alla lunghezza desiderata del prodotto PCR attraverso diversi cicli di replicazione diretti dai primer specifici del sito.

Nella figura qui sotto seguiamo un singolo filamento e osserviamo come il posizionamento dei primer accorcia la lunghezza del frammento attraverso più cicli di replicazione (sono necessari tre cicli per ottenere il primo frammento a doppio filamento dove entrambi i filamenti hanno la lunghezza dei primer).

La lunghezza di un prodotto PCR è determinata dal posizionamento dei primer.