也被称为管家基因，它们通常是细胞所必需的基因，因为它们是基本细胞功能所必需的。在正常和疾病条件下，参考基因在生物体的大多数细胞中以相对恒定的水平表达。

两个样本之间RNA表达水平的差异可能是真正的生物变异或技术变异的结果。对内参基因进行适当的归一化处理，使技术变异最小化是非常重要的。这一程序将使人们能够更好地了解真正的生物变异。内参基因用于归一化的qPCR数据。事实上，很多因素都会影响样本分析的可变性，但这通常与每个样本的逆转录效率有关。RNA样本中残留的污染物越多，逆转录反应的效率就越低，而且不同样本之间的效果也不同。

参考基因可能会因实验条件的不同而不同，因此你总是需要测试几个，并评估哪些是你的设置中最稳定的。典型的内参基因是GAPDH(甘油醛3-磷酸脱氢酶)和ACTB(编码β -肌动蛋白的基因)。有几个程序可以测试潜在内参基因的稳定性(例如GeNorm, NormFinder)。这些程序可以用来为你的项目选择最好的2-3个参考基因。