结构异构体是共享相同分子式但具有不同原子的布置的化合物。结构异构性有几个亚组。在连锁店异构体重新排列化合物的碳骨架，但仍然含有相同数量的碳和氢原子。

图1.链异构体对的例子。前两种化合物都有公式c_4.H_10.，最后两种化合物都有公式c_6.H_14.。

另一种类型的结构异构体是位置异构体，这是基于的位置功能群体在分子中。该位置略微改变分子的名称，以指示官能团所在的位置，并且它可能对分子参加的反应产生巨大影响。1-丁烯和2-丁烯是当双键定位时的位置异构体。以否则相同的化合物不同。

分支碳氢化合物有时根据所有碳在单个链中指定的前缀，他们将被分配。例如。有四个碳的甲基丙烷，通常也由异丁烷名称，在哪里iso-表示它是丁烷的结构异构体，它只能是甲基丙烷。