El análisis terciario de los datos NGS es la interpretación de los resultados obtenidos. Este análisis depende del tipo de experimento que se esté realizando. Por ejemplo, en el caso del estudio de laexpresión génicala diferencia relativa de los recuentos de lecturas entre las muestras que se están comparando sería el resultado del análisis terciario y se correlaciona con los niveles de expresión génica.