用于流动相的良好溶剂系统的选择高度依赖于分析的化合物的性质。通常，在极性和非极性溶剂系统的不同比例中，少数试验TLC板都会达到所需的R.F范围为0.3 - 0.7。除了有效地分离感兴趣的样品之外，良好的溶剂系统还从基线移动所有化合物，但不会将化合物迁移到溶剂前方。尽管可以在具有溶剂的极性的样品的极性方面进行一些推论，但是溶剂系统的特定比例和选择可以仅仅是实验的真正确定的。重要的是要记住，甚至小的极性溶剂也会导致分离的变化很大。
最极性的溶剂系统，将对静止相比样品具有更大的吸引力。因此，样品将被一直携带到溶剂前方。鉴于最低极性溶剂系统与固定相的相互作用，将化合物留在基线。