Le choix d'un bon mélange de solvants pour la phase mobile dépend fortement de la nature du composé à analyser. Souvent, quelques plaques de CCM de test sont réalisées dans différents rapports de mélanges de solvants, polaire et apolaire, pour obtenir une plage deRfsouhaitée de 0,3 à 0,7. En plus de séparer efficacement les échantillons concernés, un bon mélange de solvants déplace tous les composés de la ligne de base, mais ne fait pas migrer les composés vers le front du solvant. Bien que l'on puisse faire certaines suppositions sur la polarité des échantillons par rapport à la polarité du solvant, le rapport particulier et le choix du mélange de solvants ne peuvent être véritablement déterminés qu'expérimentalement. Il est important de ne pas oublier que même de petites additions de solvant polaire peuvent entraîner de grands changements dans la séparation.
Le mélange de solvants le plus polaire aura une plus grande attraction pour la phase stationnaire que les échantillons. Par conséquent, les échantillons seront transportés jusqu'à l'avant du solvant. Alors que le mélange de solvants le moins polaire n'aura aucune interaction avec la phase stationnaire, laissant les composés à la ligne de base.