MALDI电离方法与一个称为飞行时间(TOF)的质量分析仪耦合。在TOF中，测量离子到达检测器所需的时间。速度由质量-电荷比(m/z)决定。较小的离子会先于较大的离子到达探测器，因为它们的质量更小。离子的电荷也决定了速度。带两个或更多正电荷的离子比只带一个正电荷的离子移动得更快。因此，那些既小又带正电的离子会移动得更快。然而，请记住，不带电的碎片，如自由基，不会被仪器检测到。

探测器的输出是质谱，以“杆状图”显示。这显示了不同质量/电荷比的离子产生的相对电流。

图1所示。质谱仪组成的观点