转录因子是介导RNA聚合酶结合和转录的结合的蛋白质。转录仅在附着适当的转录因子并且RNA聚合酶以正确的取向结合时开始。促进剂上的转录因子和RNA聚合酶形成转录起始络合物。

通过特定转录因子的结合（活化剂对增强剂，对消音器的阻遏物的结合，可以强烈地增加或减少转录速率。增强剂和消化剂可以影响位于数百种，甚至数千个核苷酸的基因的表达。这是通过DNA弯曲使得增强剂/沉默和促进剂紧密接近的DNA弯曲。