提取总RNA的常用方法是硫氰酸胍-酚-氯仿萃取。这种方法使用了一种叫做TRIreagent(或TRIzol)的化学物质，其中含有强效蛋白质变性剂异硫氰酸胍盐和有机溶剂苯酚。三试剂缓冲保持rna的完整性，破坏细胞和变性蛋白质。该方法是基于Piotr Chomczynski和Nicoletta Sacchi在1987年和2006年的研究。它比基于柱状结构的方法(如RNAeasy (Qiagen))花费的时间稍长一些，但它可以处理更多的组织或细胞，因此产生更多的RNA。
RNA分离的主要步骤如下:
- 细胞裂解和细胞结构的破坏。
- 从细胞碎片中分离RNA。
- 从DNA和蛋白质中纯化RNA。
- 降水的RNA。
- 洗涤并重新悬浮RNA。
裂解物由RNA、DNA、蛋白质和细胞碎片组成。离心可以用来从细胞碎片中分离大分子(蛋白质、RNA和DNA)。当样品中加入氯仿时，根据不同的密度，样品会发生相分离。此外，pH值还将决定核酸和蛋白质的分离。极性RNA保持在上极性阶段，DNA在间期积累，变性蛋白质溶解在低有机阶段。
水相中的RNA通过加入异丙醇来沉淀，异丙醇使RNA和盐等极性分子沉淀。盐可以用75%的乙醇洗去，得到纯RNA。最后，将RNA颗粒干燥，并使用RNAse游离水作为缓冲再次悬浮。