在任何其他科学实验中，需要使用对照来确认结果是由于生物变量而不是污染或方法中的问题。在USER的情况下，重要的是至少要有一个负控制来检查正在组装的矢量的重新连接效率。

通过这样做，我们可以估算出原始载体重新结扎和产生菌落的能力。例如，用样本转化细菌后得到1000个菌落，阴性对照得到300个菌落，表明只有70%的菌落包含组装的载体。为了让研究人员知道哪些菌落是他们需要的，他们需要提取几个菌落的DNA并进行测序，以确定哪些是目标菌落。

然而，在执行USER克隆实验时，可能会有一些例外情况。如果克隆的结果是一个给定的表型，例如，产生一个有颜色的化合物，研究人员将通过计数有颜色的菌落与没有颜色的菌落的数量来知道重连接效率。尽管如此，还是强烈建议使用阴性对照。