在完成NGS样品制备后，DNA需要被固定在一个平板表面，它将再次在那里放大然后测序．这个板面也叫a流动单元并有高密度的短DNA链附着在它的表面。DNA分子能够结合到流动细胞上的适配器，因为序列是互补的。

集群生成步骤:

DNA分子与流细胞结合后，将发生两个步骤。

桥PCR

与短链DNA分子(如图蓝色分子所示)结合的DNA分子会弯曲并与另一个分子(如图紫色分子所示)结合，形成一个“桥”(如图1所示)。然后聚合酶会附着在紫色分子上放大DNA它创造了两个互补的DNA分子。然后，DNA桥被释放，每个DNA分子现在只与一个短的DNA分子结合。这个过程重复了很多次，形成了一个簇，在这个簇中，我们可以找到DNA分子，与蓝色分子结合的DNA分子和与紫色分子结合的DNA分子。通过桥接PCR扩增后，在每个簇中发现了约4000个DNA分子，但其中一半被冲走，每个簇只剩下2000个DNA分子。此步骤描述如下。

冲洗

现在我们有两条互补的DNA链附着在流动细胞表面。但我们只想对相同的(克隆)DNA簇进行测序(例如，只对与蓝色分子结合的DNA进行测序)。我们将冲洗与紫色分子相连的其他DNA分子;因此，现在我们只会得到以相同方向合成的DNA分子。现在，在每个簇中，我们只找到与蓝色分子结合的DNA，它们是相同的，因为它们是无性繁殖扩增的。在集群生成步骤的最后，我们可以预期在一个流动细胞中有大约2亿个克隆扩增DNA集群。这是很多可以被测序的DNA !

图1所示。聚类生成显示了桥接PCR和扩增。