现在我们有一个充满大量DNA的流细胞，我们准备开始测序过程。根据您使用的平台，存在几种不同的方法来执行下一代测序。其中一个是合成测序，其中通过合成每个碱基对获得测序数据。

图1.合成测序。聚合酶附着在引物上后，将用特定荧光团标记的核苷酸在底漆的3'末端中加入。用3'帽改性核苷酸，其一次只允许一种核苷酸添​​加。检测由荧光团发出的荧光信号，并且3'帽被切割，允许下一个测序循环开始。

聚合酶附件

一旦我们将克隆DNA簇簇纳入流动池，然后将测序试剂泵入流动池中。它们在流动池的一侧进入并在另一侧出口。T4 DNA聚合酶冲洗并附着到与流动池结合的短DNA分子（用作测序引物）。

用荧光团标记的核苷酸

四个核苷酸中的每一个用特定的荧光团标记。例如，用绿色荧光团，胞嘧啶用蓝色荧光团，带红色荧光团的鸟嘌呤和橙色荧光团的腺嘌呤标记胸腺嘧啶。这些核苷酸也被修饰;它们具有3'帽，只允许一次添加一个核苷酸。因此，在引物的3'末端添加一个核苷酸之后，没有更多的核苷酸可以附着。然后将自由漂浮的剩余核苷酸从系统中洗去。

荧光团检测

因为所有核苷酸都用特定荧光团单独标记，所以我们可以通过观察它们发射的荧光信号来鉴定核苷酸。例如，在图1中，我们可以看到标记用绿色荧光团的一个核苷酸加入到引物的3'末端。化学反应触发了可以记录的绿光的发射拍照。因为我们知道胸腺嘧啶被标记为绿色荧光团，我们可以识别碱作为胸腺嘧啶。在每个周期结束时拍摄四张照片，记录每个可能的颜色。拍摄所有四张图片后，系统将覆盖所有四张图像;因此，我们可以快速识别每个群集的基本标识。

切割和删除

在拍摄图像之后，将3'核苷酸的盖子切开，使下一个测序周期开始。然后从系统中取出切割的3'帽。这标志着测序周期的结束，新循环可以通过冲洗新的核苷酸并重复步骤来开始。

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