测序是用于“读取”DNA片段中核苷酸的精确顺序的技术。小的脱氧核糖核酸可以测序片段，全基因，甚至基因组。

最广泛使用的DNA测序技术基于Sanger开发的链终端。这种方法非常相似聚合酶链式反应（PCR）但仅涉及一个引物，其在DNA模板的3'末端接近感兴趣区域（图1）。在测序反应期间，将正常核苷酸（DATP，DTTP，DCTP和，DGTP）和“止止” - 核苷酸（DDATP，DDTTP，DDCTP和DDGTP）的混合物添加到DNA模板中。止动核苷酸各自标记为特定颜色。在每个循环中，目标DNA通过DNA聚合酶复制直至加入止核苷酸，这阻止进一步伸长伸长（链终止）。在35次循环之后，产生所有可能长度的大量片段。这些片段在特殊的丙烯酰胺凝胶中运行，其中它们的长度和“底座”被检测到。因为基于凝胶中的尺寸分离片段，所以将标记的核苷酸逐一检测，因此可以重建片段中的精确DNA序列。

测序的目的是例如预测基因的蛋白质序列，以比较序列水平（基因或基因组）的物种，或搜索突变。

图1：Sanger（链终止）DNA测序方法的示意性概述

在伸长次循环期间产生所有可能长度的DNA片段，每个终止于有色止动核苷酸。当根据凝胶上的尺寸分离片段时，检测到的颜色顺序将指示精确的DNA序列。