单头测序

顾名思义，单端测序是指测序过程只从一个方向进行。正如我们之前在集群的一代桥接PCR扩增后，我们得到了两种互补的DNA分子，我们把其中一种洗掉了。然后，我们对剩下的具有相同方向的DNA进行测序。如果我们只对这些DNA进行测序(所有的DNA都有相同的方向)，就称为单端测序。

Paired-end测序

在双端测序中，DNA是从两个方向进行测序的(见图3)。测序过程与单端测序相同，但测序过程结束后，我们继续进行另一轮的集群生成，并按照我们之前测序的方向(有蓝色适配器的DNA)移除链。因此，我们只剩下带有紫色适配器的DNA。这个DNA与第一个DNA具有互补序列。

当使用成对端测序时，我们可以以更高的可信度检测基因组中的结构变异，因为与单端测序相比，我们有更高的序列覆盖率和更高的特异性，而单端测序只涉及DNA片段的一端。在对长DNA片段进行测序时，首选对端测序。当我们想要研究缺失、突变或染色体重排时，最好使用成对端测序。

图1所示。成对测序是指从两个方向进行测序。DNA需要通过运行另一轮的集群生成来翻转。