para estudiar laRelaciónFilogenéticaentreproteínas，se alinean las secuencias deaminoácidosde manera que alcancenlaMáximasimilitud。Después，los reemplazos deaminoácidosse clasificansegúnsu su probilidad。Por Ejemplo，EsMás可能的Un Cambio de gly-ala que Un Cambio de gly-Pro，queAlteraríala estructura 3d de laproteína。Así，Podemos derivar el Grado dehología。Estas Distancias Evolutivas Se Suelen描述了Como UnÁrbolfilogenético。para valyar el usiveado，se repite elanálisisvarias veces y s superponen entresílosárbolesressantes（análisis引导程序o de Remuestreo），可能是可能的。Cada nodo se le asigna un valor basado en la la la laproporcióndeárbolesremuestreados que muestran ese mismo predecesor。Los Nodos con Un Valor上级Al 70％SE考虑一致。

Elárbolfilogenéticoproporcionainformaciónsobrelagalsanonomíade las diferentes especies。En el caso de lasproteínas，losHomólogoscercanos suelen ser ser serpables de funciones类似。Cuando se compureenproteínasbien estudiadas en elAnálisisfilogenético，se puede derivar lafunciónbiolónbiolónbiológicaDeenzimas estrechamente Relacionadas。