pourétudierla关系门nétiqueentre lespretéines，lesséquencesd'acidesaminéssontalignéesdemanièreàthateindrela la lalaeplyitémaximale。les remplacements d'acidesaminéssont sonuiteclassésen fonction de leurprobabilité。Paremple，Un Changement Gly-Ala est Plus可能的Qu'un Changement Gly-Pro Qui修饰La结构3d de laProtéine。Ainsi，在PeutdéduireLeDegréD'Hologie上。CES距离ÉvolutivesSontGénérementReprésentéessous sous la forme d'unArbreThylogénétique。倒入Valider leRésultat，l'AnalyseestRépétéePluseurs fois et les arbresrésultantssontsuperposésles unsaux autres（amorçauce），en ne Montrant quel'ArbreogénétiqueNétiquele plus plus Plus Plus Plus Plus有可能。une valeur estattribuée - chaque n – ud en fonction de la比例d'arbresamorçésqui montrent cemême进化群。les n– uds not la valeur estsupérieureà70％sontingérésCommeCohérents。

L'ArbreThylogénétiquerésultantRenseigne sur la sul la galsanonie desdifférentesespèces。dans le cas desprotéines，les fologues proches sontgénérementparssherables des fonctions similaires。lorsque desprotéinesbienétudiéessont cancemant dans l'Analysethylogénétique，peutdéduirela fonction la fonction la fonction la fonction Biologique des酶。