Når tilgængeligheden af oxygen er lav vil den anaerobe respiration finde sted efterglykolyse. Denne proces varierer blandt arter, hvor den hos pattedyr kaldesmælkesyrefermentering. Fermenteringen af mælkesyre kræver ikke oxygen for at hænde, men den kan ske i oxygens nærvær. I løbet afmælkesyrefermenteringomdannes pyruvat til mælkesyre, hvor den NADH, der blev dannet i løbet at glykolysen, genbruges. Nettoproduktionen af energi stammer fra glykolysen og er på 2 ATP-molekyler.

Oversigt af den anaerobe cellulære respiration hos pattedyr.

Gær gennemførerethanolfermentering, når tilstedeværelsen af oxygen er lav. Fermentering genererer mindre energi end den aerobe respiration; således foretrækkes den sidstnævnte af gærceller. Det er dog tilfældet, at fermentering ikke kun hænder, når oxygen er fraværende.S. cerevisiaedyrket med et overskud af sukker vil også producere ethanol aerobt. Dette kaldes"Crabtree-effekten".