抗生素耐药性是细菌（通常是传染性）对特定药物或特定类型药物不敏感的一般过程。
当微生物暴露于特异性抗生素的亚致死浓度时，通常会出现抗生素耐药性：由于选择性压力，存活的微生物可能通过其DNA中的突变在几代人之间发展抗性机制。
这些抗性机制可以分为四类：
修饰抗生素的主要靶标，例如转肽酶的氨苄青霉素耐药性
抗生素化合物本身的失活，例如生产B-内酰胺酶以降解细胞内的青霉素G。
如针对环丙沙星所观察到的那样，通过降低膜或使用外排泵将药物保存在细胞外部，以防止抗生素达到靶标。
使用替代代谢途径来补偿抗生素的作用并确保生物体的存活。
一个特别关注的问题是这些耐药性的传播是：耐药的细菌菌株可以将抗性基因转移到同一物种的其他菌株或完全不同物种的个体中，而这些菌株从未暴露于该药物中第一位。这样，抗生素耐药性可以广泛扩散并损害全抗生素疗法。
抗生素耐药性基因的积累导致了“超级细菌”的产生 - 除了最激烈的治疗范围以外的所有人都免疫的细菌菌株。
为了克服抗生素耐药性，当前的策略是在“鸡尾酒”中发现具有新型作用模式或使用不同抗生素的新抗生素 - 假设细菌可能在一种面对1或三种抗生素时可以同时生存。
在实验室中，抗生素抗性基因是基因工程的重要工具选择转化的细胞。