抗生物質耐性とは、バクテリア（通常は感染性）が特定の薬剤または薬剤類に対して無反応となる一般的な過程です。

抗生物質耐性は通常、亜致死濃度の特定抗生物質に微生物が触れた場合に現れます。選択圧のため、残存する微生物はDNAの突然変異を通していくつかの世代で耐性機構を発達させる可能性があります。

これらの耐性機構は次の4つのカテゴリーに分類できます。

1. アンピシリン耐性アンピシリン耐性のペプチド転移酵素等、抗生物質の初期標的の変異。

2. 細胞内のペニシリンGを分解するためのベータラクタマーゼ酵素の生成等、抗生物質化合物の不活性化。

3. 膜の浸透性を下げるか、または排出ポンプで薬剤を細胞外に出すことによる、抗生物質の標的到達の阻止（シプロフロキサシン等で見られるように）。

4. 抗生物質の作用を相殺して有機物を確実に生存させるための代替代謝経路の使用。

特に懸念されるのは、こうした耐性が種全体に広まることです。薬剤耐性のあるバクテリア株は、これまでその薬剤に触れたことのない同種の他の株または異なる種の個体に耐性遺伝子を移す場合があります。このようにして、抗生物質耐性は広範囲に広がり抗生物質治療全体が損なわれる可能性があります。

抗生物質耐性遺伝子の蓄積は、最も徹底的な治療以外のすべてに対して免疫があるバクテリア株である""スーパー耐性菌""の発生につながります。

抗生物質耐性を克服するために現在採られている戦略は、新しい作用機序を持つ抗生物質の発見、または異なる抗生物質の""カクテル""（混合物）の使用です。これは、バクテリアが1つの抗生物質に対して生き延びたとしても2つまたは3つ同時に対しては生き延びることができないという仮定に基づいています。

実験室内において、抗生物質耐性遺伝子は、形質転換細胞を選択する形質転換細胞の選択ための、遺伝子操作の重要なツールです。