生物污染是细胞培养实验室最常遇到的问题，有时会带来十分严重的后果。污染物包括细菌、霉菌、酵母、病毒、支原体以及其他细胞系的交叉污染。尽管无法彻底消除污染，但是可以通过充分了解污染源以及采用良好的无菌技术，降低污染发生的频率和严重程度。主要通过目视检查发现污染，但也可采用诸如PCR或荧光染料等其他方法。尽管您可以采取去除污染的步骤，但万一出现污染，最便捷的方法是弃去细胞，重新培养。

图1：生物污染举例。(A) 细菌污染。(B) 酵母污染

抗生素的使用

细胞培养时不应常规使用抗生素，因为连续使用抗生素会促进抗生素耐药性细胞株的产生，导致轻度污染持续存在。一旦将抗生素从培养基中去除，这种轻度污染最终将发展成大规模污染，而且连续使用抗生素还会掩盖支原体感染及其他隐性污染。另外，有些抗生素会与细胞发生交叉反应，干扰您研究的细胞过程。 抗生素只能作为对付污染的最后手段而且只能短期使用，并应尽快撤除。如果长期使用抗生素，则应同时进行无抗生素培养，以便作为鉴别隐性感染的对照。