上皮细胞由不同类型的细胞组成。最丰富的细胞是肠上皮细胞这种细胞也被称为肠道吸收细胞，因为它们的顶膜和糖杯中充满了消化酶和转运体。肠上皮细胞不仅负责营养吸收，它们还在加工抗原并将其呈递给T细胞的过程中发挥重要作用。
的刷细胞是另一种顶端有微绒毛的上皮细胞。虽然刷状细胞微绒毛较长，但其糖杯较肠细胞薄。毛刷细胞的功能仍在研究中，但已经假设它们有受体的作用。
杯状细胞很容易与其他两种类型区分开来。杯状细胞产生并分泌粘液进入小肠腔内。黏液主要由粘蛋白糖蛋白组成，形成一层覆盖在上皮细胞上的凝胶状层。这有助于保护细胞免受物理损伤，作为润滑剂，凝胶状的大分子网也形成了一个屏障，以对抗细菌细胞。
为了进一步增加小肠的吸收表面，上皮细胞呈指状排列，向肠腔内延伸。这些所谓的绒毛(绒毛，单数)不应与微绒毛相混淆。绒毛可达几毫米长，由数千个细胞组成。绒毛是由绒毛保持形状的固有层；结缔组织的松散网它主要由细胞外大分子组成，如蛋白多糖、多糖和胶原蛋白。这种纤维网络被血液和淋巴管拦截，它们带走被吸收的营养物质。