在培养皿中的某些介质琼脂上生长时，每个微生物具有明显的特征。这所谓的总体形态包括殖民地形状，尺寸，颜色和表面特征。

常见微生物的菌落形状的实例：

• 酿酒酵母酿酒酵母Sabourauge右旋糖尿病菌落形态：奶油色和光滑。

• 乳酸杆菌：圆形形式和整个边缘。

殖民地形态识别是最简单的方法微生物识别。对于更具体的识别细胞形态学可以在显微镜下分析。