未知微生物种类的鉴定在各种应用中都很重要，如健康行业中的疾病诊断和感染治疗、刑事调查、环境研究或葡萄酒和酿造行业中的接种物制备。
微生物鉴定可以用几种方法进行:
菌落形态鉴定
细胞形态学鉴定
生化试验
分子的方法