的主要优点之一是共焦显微镜是取样品的光学切片，并使用这些来产生样品的三维结构的能力。这使我们能够理解和分析整个结构，而无需物理解剖样品。

这些3D效果图是通过一个叫做光学切片的过程制作的。在这里，样品在已知深度的x-y平面上被扫描以产生光学切片。这一过程在每次改变z轴焦点的同时继续进行，即通过移动样品台来改变显微镜扫描的深度。这就产生了一组水平的样本切片，也被称为z堆栈。这组图像用于计算和创建样本的3D结构。