分析iPSC并确认是否存在自我更新基因产物或亲本体细胞基因产物是重要的，但还不足以验证一个新衍生的iPSC品系的功能多能性。另一个关键的测试是确认三系潜能或诱导多能干细胞分化成三胚层细胞的能力:外胚层、中胚层和内胚层。通常，这是通过培养胚状体的形成来完成的。这涉及在没有FGF2的情况下，悬浮培养PSC聚集体。这些聚集物可以在7 - 21天内自发分化，通常在最初几天后转移到贴壁培养中。要分析微分势，可以用细胞分析或者分子分析，比如qPCR．